自吸式波紋補償器工作原理，自吸波紋補償器運行以后，葉輪將預先灌入室儲水腔的水及從進口管道里面所抽的空氣一起吸入，水和空氣在經過葉輪高速旋轉之后達到完全混合的效果，液體夾帶著氣體在離心力的作用之下向渦卷室外緣排出。液體夾帶著氣體通過擴散管進入氣水分離室。

這時，因為水的流速突然降低，空氣是比水要輕的氣體會向上走，氣體就會從氣水混合物中被排離出來，空氣會通過各種橡膠葉輪的排氣口及排水出口排出。分離了空氣之后的水回到儲水腔，再由回流孔再次回到葉輪的吸水端，再次與自吸波紋補償器進口管道中被葉輪吸入的空氣混合在一起，在高速旋轉的葉輪作用下，又流向葉輪外緣。

隨著這個過程來回往復的地進行下去，自吸波紋補償器進口管道中的空氣不斷排出減少，一直到最后排盡進口管道的空氣，形成一定負壓之后水會逐漸由水池被提升到泵體里面來，這樣就完成了自吸過程，自吸波紋補償器抽上來水之后就能正常出水。自吸波紋補償器的橡膠葉輪體底部還可以設冷卻室來冷卻橡膠葉輪，如果橡膠葉輪因為安裝使用上面的緣故導致橡膠葉輪體發熱溫度超過了70度時，可在這里接一根冷卻液管道，注入冷卻液循環冷卻。